Namun kondisi ini tiba-tiba berubah. Angin kencang menerpa, langit pun hitam gelap dengan awannya. Badai terjadi, kapal yang ditumpangi Nabi Yunus AS terombang-ambing dan akan tenggelam. Awak kapal pun panik, mereka kemudian membuang seluruh muatan yang ada di dalamnya. Dengan harapan, kapal tidak tenggelam jika muatan berkurang.
Sayang, cara ini tidak membantu. Kemudian, diusulkan lah agar dibuat undian untuk mengurangi manusia yang ada di dalamnya. Dalam undian tersebut, siapapun yang keluar namanya harus di buang ke laut.
Ternyata, Nabi Yunus AS termasuk orang-orang yang kalah dalam undian tersebut.
“Lalu dia termasuk orang-orang yang kalah.” (Ash-Shaffat: 141)
Awalnya penumpang lain tidak menyetujui Nabi Yunus yang dibuang dari kapal.(logikanya, nabi yunus kan nabi sekaligus rasul ,, orang paling utama lah di kapal itu, masa maen buang aja ke laut) :'v
Tapi yg namanya takdir ,, .. Pas Di undi kok yg keluar nama nabi yunus, kalo nabi yunus yg di lempar kelaut yang mimpin dikapal siapa donk, yaudah di undi lagi ,, eh ternyata yang keluar nama nabi yunus lagi, di undi lagi, keluar lagi nama nabi yunus :') setelah tiga kali undian ternyata nabi yunus tetaplah kalah,, dilemparlah Nabi Yunus AS dan kemudian dilahap oleh seekor ikan besar mirip Paus.
Dalam keadaan itulah Nabi Yunus as bertobat. Beliau mengucap banyak kalimat tasbih kepada Allah SWT dan berdo'a.
Rasululah Shallallahu ‘Alaihi Wasallam pun menyebut betapa mustajabnya doa dzikir Nabi Yunus ini dalam mengatasi berbagai kesulitan hidup tiap mukmin.
“Doa Dzun Nuun (Nabi Yunus) ketika ia berdoa dalam perut ikan paus adalah: “Laa ilaaha illaa anta, subhaanaka, innii kuntu minadz dzaalimiin”. (Artinya: Tidak ada Tuhan yang berhak disembah kecuali Engkau (ya Allah), Maha Suci Engkau, sesungguhnya aku adalah termasuk di antara orang-orang yang berbuat zalim/aniaya). Sesungguhnya tidaklah seorang muslim berdoa dengannya dalam suatu masalah, melainkan Allah kabulkan baginya.” (H.R. At-Tirmidzi).
Taubat dan doa Nabi Yunus pun akhirnya di ijabah Allah. Dia kemudian memerintahkan ikan agar mengeluarkan Nabi Yunus as ke permukaan laut dan membuangnya di suatu pulau yang ditentukan oleh Allah SWT. Tubuh Nabi Yunus as kemudian dimuntahkan dan terhempas ke daratan.
Cerita Nabi Yunus dan ikan berakhir sampai disitu, tidak ada yang mengetahui bagaimana nasib ikan tersebut saat ini.